不純物の混入や、天然の放射能の照射によって色が付いたものは、「色つき水晶」と呼ばれます。抜群の知名度と人気を誇っているのは、紫色に色づいた「アメジスト」です。日本では「紫水晶」と呼ばれ、もっとも高貴な水晶とされていました。

アメジストと同様によく見られるのは、「スモーキークォーツ」「煙水晶」と呼ばれる、黒みがかった色のついたクリスタルです。独特の渋みのある姿は、男性用のアクセサリーとしても人気があります。

黄色く色づいたクリスタルは二種類あり、それぞれ「シトリン」「レモンクォーツ」と呼ばれています。日本ではどちらも「黄水晶」の名で親しまれていますが、着色の原因が異なるため、鉱物学的には別種のものとして扱われます。両者とも天然のものはたいへん珍しく、アクセサリー用にお手ごろな価格で売られているもののほとんどは、アメジストを加熱処理して変色させたシトリンです。

一つの結晶の中にアメジストとシトリンの両方が混じったものは、「アメトリン」というユニークな名前が付けられています。アメトリンは天然のものもありますが、やはり人工のものがほとんどです。

「恋に効くパワーストーン!」として、若い女性に絶大な人気を誇っているのは、愛らしいピンク色の「ローズクォーツ」です。塊状のものが一般的ですが、稀に結晶体で見つかることもあります。ブラジルのミナスジェライス州のものが有名です。日光に弱く、長時間太陽の光に当てると退色してしまいますので、保管とお手入れにはじゅうぶんな注意が必要です。